学校现有第一临床医学院、第二临床医学院、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、法医学院、药学院、人文社会科学学院、护理学院、研究生学院、继续教育学院、职业技术学院12个二级学院；晋祠学院1所独立学院；口腔医学系、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、信息管理系、外语系、体育教学部、计算机教学部8个直属系部；山西医科大学第一医院、山西医科大学第二医院、山西医科大学第三医院、山西医科大学口腔医院、山西省汾阳医院、晋中市第一人民医院、运城市中心医院、阳泉市第一人民医院、大同市第三人民医院、太原市中心医院10所附属医院，115个其它教学基地。
全国重点学科:
二级学科国家重点学科： 课程与教学论 基础心理学 特种经济动物饲养
国家重点（培育）学科:
二级学科国家重点学科： 果树学
我校正积极进行面向21世纪的教学内容和课程体系的改革，按照“加强基储拓宽专业、注重实践、培养能力、提高素质”的教学改革思路，积极探索富有创新精神和实践能力的高素质人才的培养模式，加强文化素质教育、创新教育和专业教育；积极推进现代教育技术的普及，努力实现教学手段现代化。实行学分制，主辅修制，对所学专业成绩较好，学有余力的学生，还可以选择第二专业，有机会获得第二学位。
从2006年起推出了“2
