吉安县二中的前身是吉安县敦厚镇中学，创建于1982年，当时是一所初级中学，1991年扩建成完全中学，更名为吉安县敦厚中学。2001年被省教育厅确定为“江西省重点建设学校”，被市教育局确定为“吉安市重点中学”，2004年完成了初中部剥离工作，同年经市政府批准更名为“吉安县第二中学”。